З ретельністю зайнявся преподобний освітою юнаків, однак висока пошана, якою він був оточений, обтяжувала його дух, який прагнув до служіння Богу в безмовності чернечого життя. У гарячих молитвах просив Господа преподобний вказати йому шлях спасіння. Господь почув його прохання і одного разу він почув Голос, що говорив йому: “Арсеній, уникай людей і спасешся”. Тоді, знявши з себе розкішний одяг і надівши подорожній, він таємно пішов з палацу, сів на корабель і відплив до Александрії, звідки негайно поспішив у Скитську пустелю. Прийшовши до церкви, він просив пресвітерів прийняти його в число ченців, називаючи себе убогим мандрівником, проте зовнішність показувала у ньому не простого, а знатного чоловіка. Братія відвели його до прославленого святим життям преподобного авви Іоанна Колова (пам’ять 9 листопада). Той, бажаючи випробувати смирення прийшов, під час трапези не посадив Арсенія серед ченців, але кинув йому сухар, сказавши: “Якщо хочеш, їж”. З великим смиренням преподобний Арсеній упав на коліна, підповз до сухаря і з’їв, відійшовши в кут. Бачачи це, старець Іоанн сказав: “Він буде великим подвижником!” З любов’ю прийнявши Арсенія, він здійснив постриг в чернецтво початківця подвижника.
З ретельністю почав преподобний Арсеній проходити послух і незабаром перевершив у подвижництві багатьох отців пустельників.
Одного разу на молитві преподобний знову почув Голос: “Арсеній, уникай людей і перебувай у безмовності – це корінь безгрішний”. – З тих пір преподобний Арсеній оселився поза Скитом, у відокремленій келії, прийнявши подвиг безмовності, рідко виходив з затвору, приходячи до церкви лише у святкові та недільні дні, ні з ким не розмовляв, дотримуючись повного мовчання. На запитання одного ченця – чому він так ховається від людей, подвижник відповідав: “Бог бачить, що я люблю всіх, але не можу бути одночасно з Богом і людьми. Сили Небесні всі мають одну волю і одностайно славлять Бога, на землі ж кожна людина має свою волю і думки людей різні. Не можу, залишивши Бога, жити з людьми “.
Перебуваючи в безпересстанній молитві, преподобний, однак, не відмовляв ченцям, які приходили до нього за порадою та настановами, даючи короткі, але мудрі відповіді на їхні запитання. Одного разу прийшов до великого старця інок зі Скиту і побачив його через віконце як преподобний стояв на молитві, оточений полум’ям. Рукоділлям преподобного Арсенія було плетіння кошиків, для цього листя фінікових пальм, з яких плелися кошики, він розмочував у воді. Цілий рік преподобний Арсеній не міняв в посудині воду, від якої виходив гнильний запах. На питання – чому він так чинить, преподобний відповідав, що цим смиряє себе, так як, живучи в миру, він був оточений запашними запахами, а тепер терпить сморід, щоб не відчувати після смерті смрадності пекла.
Слава про великого подвижника поширилася далеко, багато хто бажав його бачити і тим порушували безмовність подвижника, внаслідок чого преподобний змушений був переходити з місця на місце. Однак, ті, які жадали отримати повчання і благословення знаходили його.
Преподобний Арсеній вчив: багато хто беруть на себе великі подвиги приписи постів та бдіння, але мало хто дотримується душу свою від ненависті, гніву, злопам’ятности, засудження і гордості, такі, подібні до гробів побілених, наповнених всередині смердючими кістками. Один чернець запитав преподобного, що йому робити, коли він, читаючи псалми, не розуміє їх значення. Старець відповів, що слід продовжувати читання псалмів, так як злі сили біжать від нас, не терплячи сили Слова Божественних писань. Ченцям доводилося чути, як преподобний часто примушував себе самого до подвигів словами: “Працюй, Арсеній, не лінуйся, ти прийшов не на спокій, але на працю”. Також преподобний говорив: “Багато разів каявся я за свої слова, а про мовчання – ніколи”.
Великий подвижник і безмовник здобував дар благодатних сліз, якими постійно були наповнені його очі. В чернечих подвигах він провів 55 років, заслуживши від сучасників назву Великого, і упокоївся у віці 95-ти років в 449 або 450 році.