Іоанн вирушив до пустельника Фармуфія і, прийнявши від нього благословення, пішов у пустелю. Молодий подвижник знайшов порожній глибокий колодязь, в якому було багато змій, скорпіонів та інших гадів, і, помолившись, кинувся вниз, але, чудесно підтриманий Ангелом, залишився неушкодженим. На дні колодязя він провів у молитві з хрестоподібно складеними руками без їжі і сну сорок днів, поки змії не покинули колодязь. Одного разу Ангел, що приносив їжу пустельнику Фармуфію, приніс хліб і для святого Іоанна. Ангел не приносив хліб прямо Іоаннові, щоб юний подвижник не возгордився. З тих пір святий отрок отримував Небесну їжу через Фармуфія. Юному подвижнику довелося випробувати багато спокус від диявола. Біси приймали образ матері, сестри, родичів і знайомих святого Іоанна, щоб розжалобити подвижника і змусити його перервати подвиг. Всі вони з плачем по черзі підходили до колодязя, просячи преподобного Іоанна вийти до них. Весь цей час святий не припиняв молитви і після закінчення її вимовив: “Відійдіть від мене”, – і біси зникли.
До самої своєї блаженної кончини, що настала в IV столітті, святий Іоанн жив в колодязі, невпинно борючись в пості і молитві. Промислом Божим для його поховання прийшов чернець Хрисихій, що трудився в пустелі протягом тридцяти років. Напередодні кончини преподобний Іоанн після довгих прохань докладно розповів Хрисихію про своє житіє і подвиг спасіння. Після його смерті біля місця його подвигів відбувалися численні чудеса.
